產(chǎn)品介紹
產(chǎn)品簡介
微生物全基因組測序是指對待研究的微生物進行全基因組測序，是獲得未知生物的基因組或檢測與已知生物基因組間的差異，以及比較多個樣品基因組的重要手段，適用于微生物功能鑒定，差異檢測及其他比較基因組學的研究。
全基因組重測序數(shù)據(jù)分析策略
1. 從測序所得到的原始數(shù)據(jù)出發(fā)，首先對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)控，得到有效數(shù)據(jù)（Clean data）；
2. 基于有效數(shù)據(jù)與參考基因組進行Reads Mapping比對；
3. 基于比對結(jié)果進行SNP、INDEL和SV的統(tǒng)計和注釋；
4. 基于變異的統(tǒng)計結(jié)果繪制變異分布圖和全基因組變異圖譜；
5. 根據(jù)分析需求，可選擇高級分析，深入挖掘物種的系統(tǒng)進化關(guān)系。
全基因組denovo測序數(shù)據(jù)分析策略
1. 從測序所得到的原始數(shù)據(jù)出發(fā)，首先對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)控，得到有效數(shù)據(jù)（Clean data）；
2. 基因組大小及雜合度評估，判斷是否符合組裝條件;
3. 基于有效數(shù)據(jù)，進行微生物基因組組裝;
4. 基于組裝結(jié)果，進行基因組組分分析：編碼基因預(yù)測，前噬菌體及CRISPR預(yù)測;
5. 基于預(yù)測得到的基因序列，進行基因功能分析：包括通用基因功能注釋(NR, GO, COG, KEGG, Pfam, SwissProt)和 病原細菌致病性和耐藥性分析；
6. 根據(jù)分析需求，可選擇高級分析，深入挖掘物種的系統(tǒng)進化關(guān)系。
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
| 測序類別 | 分析類別 | 分析內(nèi)容 |
全 基 因 組 重 測 序 |
與參考基因組比對情況分析 | 測序深度及覆蓋度統(tǒng)計表 |
| 測序深度分布圖 | ||
| 參考基因組各位置區(qū)間的深度分布圖 | ||
| SNPs檢測及注釋 | SNPs位點類型及基因型 | |
| SNPs在參考基因組上的分布 | ||
| SNPs注釋信息統(tǒng)計表 | ||
| INDEL檢測及注釋 | INDEL位點類型及基因型 | |
| INDEL在參考基因組上的分布 | ||
| INDEL注釋信息統(tǒng)計表 | ||
| SV檢測及注釋 | SV變異類型 | |
| SV變異引起的染色體結(jié)構(gòu)變化 | ||
| 高級分析 | 系統(tǒng)進化分析 | |
| 全基因組變異圖譜 | ||
全 基 因 組 denovo 測 序 |
基因組組裝 | 基因組雜合度評估 |
| 基因組頻次深度分布圖 | ||
| 組裝結(jié)果統(tǒng)計 | ||
| 基因組組分分析 | 編碼基因統(tǒng)計 | |
| 編碼基因長度分布圖 | ||
| 前噬菌體預(yù)測 | ||
| CRISPR位點預(yù)測 | ||
| 基因功能注釋 | NR, SwissProt蛋白注釋 | |
| KEGG,EggNOG,Pfam蛋白功能分類注釋 | ||
| ARDB, PHI, VFDB致病和耐藥性注釋 | ||
| 比較基因組分析 | 共線性分析 | |
| 變異檢測 | ||
| 高級分析 | Core-Pan基因分析 | |
| 系統(tǒng)進化分析 |
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