案例1、腸道微生物16s分析及IBS預(yù)測(cè)平臺(tái)

MetaDP 是可以對(duì)16S rRNA測(cè)序進(jìn)行分析的自動(dòng)化的軟件平臺(tái)。包括數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、操作單元數(shù)聚類、多樣性分析、以及疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型。同時(shí)基于MetaDP對(duì)108名兒童腸道菌群16S 測(cè)序數(shù)據(jù)的分析還建立了 對(duì)兒童腸道應(yīng)急綜合征的預(yù)測(cè)分析模型。MetaDP的應(yīng)用不止于IBS疾病模型的預(yù)測(cè)，還可以應(yīng)用到其他與腸道菌群有關(guān)的疾病，比如肥胖、代謝性疾病和腸癌的分析。

文章： MetaDP: a comprehensive web server for disease prediction of 16S rRNA metagenomic datasets[J]. Biophysics Reports, 2016, 2(5):106. DOI:10.1007/s41048-016-0033-4 PMCID: PMC5334392

案例2、環(huán)境與病原微生物檢測(cè)與監(jiān)控平臺(tái)

環(huán)境與病原微生物引發(fā)的公共安全事件時(shí)有發(fā)生，2003年全國(guó)范圍的SARS病毒、2006年四川豬鏈球菌疫情、2010年河南蜱蟲(chóng)事件、2012年山東海域赤潮爆發(fā)事件、2013年人感染H7N9禽流感疫情等都引發(fā)重大社會(huì)影響，而短時(shí)間內(nèi)迅速鑒別出環(huán)境或者病原微生物的種類對(duì)于遏制事件的蔓延，消除社會(huì)恐慌具有重大意義。這要求相應(yīng)的監(jiān)測(cè)體系應(yīng)該具有時(shí)效性、準(zhǔn)確性和科學(xué)性多個(gè)特點(diǎn)。協(xié)云基因基于此項(xiàng)需求，通過(guò)發(fā)展有效的檢測(cè)技術(shù)和監(jiān)測(cè)手段，建立了一套集檢測(cè)、分析、預(yù)警于一體的環(huán)境與病原微生物篩查方案。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

※ 檢測(cè)效率高。從獲得樣本到給出檢測(cè)結(jié)果,分析時(shí)間小于24小時(shí)

※ 完善的信息化監(jiān)測(cè)平臺(tái)，可針對(duì)廣泛的監(jiān)測(cè)站點(diǎn)進(jìn)行大規(guī)?？焖俨渴?/p>

※ 檢測(cè)通量高。范圍覆蓋到數(shù)萬(wàn)種微生物

※ 全面的病原與環(huán)境微生物數(shù)據(jù)資源庫(kù)，對(duì)檢測(cè)產(chǎn)品進(jìn)行有力的信息支持

※ 預(yù)測(cè)預(yù)警功能。對(duì)微生物的變化趨勢(shì)指標(biāo)進(jìn)行早期預(yù)測(cè)，及時(shí)發(fā)布預(yù)警信息

案例3、國(guó)家CDC流感疫苗株預(yù)測(cè)平臺(tái)

國(guó)家CDC流感疫苗株預(yù)測(cè)平臺(tái)是流感疫苗株預(yù)測(cè)與自動(dòng)化推薦的WEB應(yīng)用平臺(tái)。該平臺(tái)無(wú)縫集成預(yù)測(cè)預(yù)警工具，建立了流感演化規(guī)律預(yù)測(cè)模型和流感危害程度早期預(yù)測(cè)模型，實(shí)現(xiàn)了流感疫苗WEB自動(dòng)化推薦。中國(guó)國(guó)家流感監(jiān)測(cè)網(wǎng)絡(luò)覆蓋31個(gè)省市，331個(gè)地級(jí)市，2870個(gè)區(qū)縣，408家網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室，554家哨點(diǎn)醫(yī)院。全球超過(guò)50%的疫苗株都來(lái)自CNIC。

文章：PREDAC-H3: a user-friendly platform for antigenic surveillance of human influenza a(H3N2) virus based on hemagglutinin sequences. Bioinformatics. 2016 Aug 15;32(16):2526-7.